依據地方制度法第18條與文化資產保存法第4條，臺南市政府主管臺南市轄區內之文化資產，復依據地方制度法第62條、文化資產保存法第11條設置臺南市文化資產管理處。就其組織規程，屬臺南市政府文化局體系，負責臺南市文化資產主管業務與臺南市政府文化局經管文物之管理，並協調各相關公私部門共同從事文化資產之保護與傳承。
臺南市文化資產管理處設有一級單位共五組及考古中心、文化資產教育園區，如下：
臺南市文化資產管理處「組織圖」
處長-秘書
底下有文化資產研究組；遺址古物組；有形文化資產組(底下有臺南市文化資產建材銀行)；無形文化資產組；行政管理組；臺南考古中心；隆田CHACHA文化資產教育園區；會計員