一、文化資產研究組：各類古蹟、歷史建築、聚落、遺址、古物、文化景觀之審議、指定、登錄、廢止及公告、遺址及水下文化資產監管保護計畫、古物調查研究及保存維護計畫、聚落保存及再發展計畫、文化景觀保存維護計畫及保存修復科學等事項。
二、臺南考古中心：以專業考古人才，預先評估遺址址受開發工作影響之程度，並協助相關單位研擬適合的遺址保存方式，以達成落實預防性考古精神、推動考古遺址活化利用與保存等目標。
三、有形文化資產組：古蹟、歷史建築、聚落、文化景觀之調查研究與修復再利用及保存維護計畫、工程規劃設計與工作報告書之諮詢、審查及工程督管事宜、保存區劃設及管理制度、文化資產週邊景觀風貌調和、輔導監督與考核各民間團體及個人辦理古蹟、歷史建築、聚落、文化景觀日常管理維護及緊急事件處理等事項。
四、無形文化資產組：各類民俗及有關文物、傳統藝術之審議、登錄、廢止及公告、無形文化資產之調查研究、保存、維護、推廣及傳習、辦理文化資產保存技術與保存者之審查列冊及傳習推廣、輔導監督民間團體或個人辦理無形文化資產之保存及研究、文化資產保存者與保存團體之保存傳習及養成制度、辦理文化資產理念宣導、人才培育及教育推廣等事項。
五、文物管理及行政組：本處施政方針、中長程計畫與效益評估、研究及考核、文化資產資料之出版及數位化、公共服務、國際交流、媒體公關、跨類型文化資產保存、輔導文化資產創意加值及營運、文物管理、法制、採購、庶務、文書、檔案管理、財產與物品管理、出納、資訊管理、館舍營繕、機電維護及不屬其他組之事項。
臺南市以積澱深厚的文化底蘊、樣貌多元的文化資產、積極主動的民間活力，而作為臺灣的文化首都。立基於此豐厚之根基，臺南市文化資產管理處與國際上的保存發展趨勢同步，秉持「守成紮根，以人為本」的理念，引導並整合產官學各方面的人才與資源，一方面針對既有各類文化資產，持續其研究與守護的工作，另一方面引導人們探索當代的潛力文化資產，以建立人們的責任感來為下一代營造具有知識與質感的生活環境。